NPO法人は、最大で次の２つの区分経理を行う必要が生じます。NPO法人の特徴の１つでもあります。

・特定非営利活動にかかる事業とその他の事業の区分経理

　NPO法人は特定非営利活動以外の事業（その他の事業）を行うことができますが、その他の事業を行っている場合は、特定非営利活動にかかる事業とその他の事業は区分経理しなければなりません（NPO法５②）。

・法人税法上の区分経理

　法人税法上の収益事業を行っている場合は、収益事業と収益事業以外の事業のそれぞれから生ずる所得を区分経理しなければなりません（法令６）。

　また、法律上の区分経理ではありませんが、受託事業や助成事業について、委託元や助成団体から受託事業や助成事業のみを契約や要綱で決算報告が義務付けられている場合があります。この報告のためだけに帳簿を作成し直す必要はありませんが、必要に応じて部門管理などで他の事業と区分経理をしておくとよいでしょう。

・経緯

　従来、NPO法人の会計基準はなく、各法人は旧手引き（特定非営利活動法人の会計の手引き）や公益法人会計基準などを参考に処理をしていました。平成19年6月に国民生活審議会が報告書で、目安となる、民間主導による、NPO法人の会計基準が必要である旨の提言がされます。この提言を受けてNPO法人会計基準協議会が発足し、所轄庁をオブザーバーに、民間主導による「NPO法人会計基準」が平成22年7月に策定・公表されました。

・所轄庁との関係

　内閣府が開催した「特定非営利活動法人の会計の明確化に関する研究会」で、NPO法人会計基準は現段階で望ましい会計基準、と報告されています。NPO法人会計基準は、法律ではないので適用を強制されるという性質のものではありません。

またNPO法人会計基準は、市民にとってのわかりやすさや社会の信頼にこたえるという基本的な考え方に基づくため、所轄庁の監督上必要となる視点が盛り込まれた手引き（特定非営利活動促進法に係る諸手続きの手引き）とは、相互に補完し合う形で活用されていくことが望ましいでしょう。

NPO法人が備えるべき帳簿は、特段定めがあるわけではありません。ですが、NPO法人会計基準は複式簿記を前提としており、各法人の規模や活動内容によって決めることになります。

例えば、預金や保有資産のない現金のみの小規模な法人は、多行式現金出納帳だけで十分です。一方、前述の区分経理が必要な場合や一定の規模以上の場合は、会計ソフトの導入を検討するとよいでしょう。