入会金や会費は、自由に設定できます。したがって無料でもかまいません。実際にも無料のところから、ある程度の金額を設定している法人までさまざまです。正会員と賛助会員の会費は同額でも差があってもいいですし、個人と法人（団体）で区分してもかまいません。

　金額の設定に当たっては、活動の原資が、『会費』なのか、『事業収益』なのかで設定すればいいでしょう。活動の原資が会費の場合、活動を賄うためのある程度の金額を設定することになりますが、正会員の会費があまりに高額だと経済的な理由から正会員（社員）が減少して10名を下回ってしまうかもしれません。ほかにも高額である点を入会制限とみなさなる恐れがありますので注意が必要です。

　賛助会員の会費ですが、PST要件に「実績判定期間の各年度年当り3,000円以上の寄付者が年平均100人以上であること」という要件（絶対値基準）があります。そのため認定NPO法人を目指す場合の賛助会員の年会費の設定は、年会費3,000円を一つの目安にするといいでしょう。

　会費の設定の仕方に「1口当り○○円」と設定する場合があります。特に会費を活動原資としている場合の賛助会費の設定でみられるケースです。正会員についてこのように定めた場合でも議決権は1社員１つであり、1口単位ではないと考えられています。