NPO法人会計基準は、民間主導で作られた基準です。したがって法的な強制力のあるものではありません。そのため、他の会計基準、例えば公益法人会計基準を適用しているNPO法人もあります。

　しかし、市民・NPO法人・所轄庁の3者にとってわかりやすい会計を検討するために内閣府が設置した「特定非営利活動法人の会計の明確化に関する研究会」が平成23年11月に報告書を取りまとめ、そのなかに『現段階では望ましい会計基準』であり、『（所轄庁が公表する）新しい手引きとNPO法人会計基準は、適切な役割分担の下で相互に補完し合う形で広く活用されることを望みたい』としています。

そのため、所轄庁が公表する手引きも会計に関するところはNPO法人会計基準を前提としています。

NPO法人会計基準は法的な義務ではないものの適用すべき基準といえるでしょう。